Python para Oceanógrafos.

Anaconda

O tutorial original fornecia passo a passo para instalação via Canopy. Este programa, apesar de pago, tem licença gratuita para acadêmicos.

Já o Anaconda se trata de uma plataforma gratuita de ciências de dados em Python. Esta plataforma facilita em muito a instalação de pacotes de complicada implementação, como o netCDF. Importante deixar claro que estes passos são para o Linux (Ubuntu).

Download

Entre neste link e baixe a versão para seu sistema operacional e processador. Para melhor organização, crie uma pasta Programs em sua home e dentro desta uma pasta para o Anaconda:

mkdir ~/Programs
mkdir ~/Programs/Anaconda
mkdir ~/Programs/Anaconda/Installer
cd ~/Programs/Anaconda/Installer

Instalação do Anaconda

Agora copie o instalador que você baixou para esta pasta e rode:

bash Anaconda2-4.1.1-Linux-x86_64.sh

Instale no endereço /home/user/Programs/Anaconda/anaconda2 não esquecendo que no lugar de user você deve colocar o nome do seu usuário. Quando perguntar se você quer configurar o .bashrc responda com yes.

Feche o terminal e abra novamente. Execute o comando which python. Isto deve retornar algo como:

/home/user/Programs/Anaconda/anaconda2/bin/python.

Instalação dos pacotes adicionais

netCDF4

Para instalar o netCDF4 rode o seguinte comando:

conda install -c anaconda netcdf4

Para testar se a instalação procedeu bem, o seguinte comando não deve retornar erro:

python -c "from netCDF4 import Dataset"

Basemap

Para instalar o Basemap rode o seguinte comando:

conda install -c anaconda basemap

OceanLab

Agora acesse a pasta /Programs em seu /home e execute o seguinte comando para baixar os módulos OceanLab:

git clone https://github.com/iuryt/OceanLab.git; cd OceanLab/

Agora execute o seguinte comando para instalar os módulos:

python setup.py install

Para testar se a instalação procedeu bem, o seguinte comando não deve retornar erro:

python -c "from OceanLab import *"

PiPy

PiPy é um repositório de pacotes em Python. Para instalá-lo execute o seguinte comando no terminal:

sudo apt-get install python-pip

Sewater

O Seawater serve para fazer cálculos de algumas variáveis oceanográficas, como densidade. Para instalar execute o seguinte comando:

pip install seawater

PyDap

O PyDap serve para fazer acesso de dados online através do OpenDap. Para instalar execute o seguinte comando:

pip install pydap

CmOcean

Existe um pacote de colormaps específicos para oceanografia. Eu recomendo fortemente que você use estes colormaps devido a sua ótima qualidade e conformidade com os padrões necessários para análise de dados através de imagem.

Para isso, rode o seguinte comando no prompt:

pip install cmocean

Este pacote foi criado sob supervisão da profa. Dra. Kristen Thyng da Texas A&M. Visite o site e veja os exemplos e documentação.

Utilização

Para seguir os tutoriais você vai executar os comandos no IPython e escrever seus scripts através de um editor de texto. Eu aconselho o próprio GEdit que já vem com o Ubuntu, mas para usá-lo de melhor forma, é bom que sejam instalados seus plugins e novos temas. Para isso, entre nesta página e faça tutorial apenas até ativar os plugins.

LaDO - USP
Praça do Oceanográfico, 191 - Cidade Universitária
CEP 05508-120 São Paulo, SP, Brasil
Tel: 55 (11) 3091-6552 / 3091-6578
Iury Tércio Simões de Sousa
simoesiury@gmail.com

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